福建農(nóng)林大學(xué)林學(xué)院竹資源高效培育與利用協(xié)同創(chuàng)新中心教授鄭郁善團(tuán)隊(duì)、海峽聯(lián)合研究院林學(xué)中心教授顧連峰團(tuán)隊(duì)利用PacBio平臺(tái)，并結(jié)合Hi-C技術(shù)，采用ALLHiC算法組裝得到染色體水平的六倍體麻竹分型基因組，該基因組代表了目前已報(bào)道竹種中最大的基因組。相關(guān)成果近日在線發(fā)表于《植物學(xué)報(bào)》英文版。

麻竹是一種木本叢生竹，生長(zhǎng)十分迅速，廣泛種植于南方地區(qū)，是重要的筍材兩用竹。特別是在竹子基因功能研究技術(shù)系統(tǒng)中，麻竹具有比較成熟的基因過表達(dá)體系，因此麻竹適合作為竹子基因功能研究的材料。

然而，麻竹基因組較大，倍性復(fù)雜，因此其染色體水平的基因組學(xué)研究尚未報(bào)道。

聯(lián)合團(tuán)隊(duì)的研究將麻竹組裝成三個(gè)分型亞基因組，基于轉(zhuǎn)錄組信息，并結(jié)合相似性和從頭預(yù)測(cè)等方法，對(duì)麻竹三個(gè)分型亞基因組共注釋了135231個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因，識(shí)別了分型染色體之間存在大量遺傳變異，并初步探究了散生竹和叢生竹之間的宏觀共線性關(guān)系及部分微觀共線性的差異。

該研究成果為研究亞基因組的進(jìn)化關(guān)系及等位特異性表達(dá)奠定了基礎(chǔ)。(記者 鄭金武)

關(guān)鍵詞： 福建農(nóng)林大學(xué) 六倍體麻竹分型基因組 PacBio平臺(tái) Hi-C技術(shù)