日前,首都醫(yī)科大學(xué)附屬北京兒童醫(yī)院在遺傳學(xué)知名雜志《遺傳學(xué)與基因組學(xué)雜志》(Journal of Genetics and Genomics)上發(fā)表一項研究成果,率先報道了下一代高通量基因靶向測序的新生兒篩查(簡稱新篩)方案及其臨床應(yīng)用情況,該方案簡稱“NESTS (Newborn Screening with Targeted Sequencing)”。據(jù)悉,北京兒童醫(yī)院已將NESTS納入成果轉(zhuǎn)化項目,其推廣應(yīng)用將對我國出生缺陷三級預(yù)防發(fā)揮重要作用。
新篩旨在針對無癥狀新生兒,篩查可干預(yù)的先天性遺傳代謝病如苯丙酮尿癥等。目前,不同國家和地區(qū)根據(jù)區(qū)域內(nèi)疾病特點(diǎn)和衛(wèi)生經(jīng)濟(jì)學(xué)等考慮,實(shí)施不同的利用生化或質(zhì)譜等方法,檢測代謝物或酶活性的新篩方案,但這些方案多數(shù)只涵蓋幾種或幾十種疾病。另外,由于所用的方法和技術(shù)不同,造成反復(fù)對新生兒進(jìn)行足跟血采集,有時多達(dá)8-10個血斑,通常存在檢驗質(zhì)量控制參差不齊、缺乏基因水平和臨床確診、對篩查陽性者缺乏有效管理等問題。能否只采集1-2個血斑,把這些篩查方案歸在一起,又能涵蓋更多的單基因遺傳病,還能實(shí)施閉環(huán)管理?
北京兒童醫(yī)院相關(guān)團(tuán)隊歷經(jīng)6年,研發(fā)了基于下一代測序技術(shù)(NGS)的靶向測序方案NESTS。根據(jù)多年來北京兒童醫(yī)院收治的遺傳性罕見病患兒情況的摸底調(diào)查,結(jié)合罕見病數(shù)據(jù)庫等,設(shè)計了針對我國遺傳性罕見病特點(diǎn)的包含465個已知致病基因的Panel,用于對596種發(fā)病較早、發(fā)病率相對較高并且可干預(yù)的嚴(yán)重遺傳病進(jìn)行篩查。通過2013年起建立的福棠兒童醫(yī)學(xué)發(fā)展研究中心婦兒專科醫(yī)聯(lián)體多中心協(xié)作組,對分布在中國不同區(qū)域8家婦幼保健機(jī)構(gòu)的11484名嬰兒進(jìn)行回顧性篩查發(fā)現(xiàn),NESTS初篩陽性率為7.85%。進(jìn)一步對初篩陽性新生兒進(jìn)行隨訪發(fā)現(xiàn),臨床確診率為12.07%。據(jù)此推算NESTS對新生兒的單基因遺傳病診斷率為0.95%,表明單基因遺傳病在新生兒出生缺陷中占有較大比例。
隨后,研究團(tuán)隊進(jìn)一步在北京兒童醫(yī)院順義婦兒醫(yī)院募集了3923名新生兒進(jìn)行NESTS的臨床評價試驗。借助于新生兒遺傳病智能決策支持系統(tǒng),可將新篩報告的周期控制在11天之內(nèi),并對NESTS的實(shí)施效果和閉環(huán)管理進(jìn)行綜合評價。通過對220例接受過NESTS檢測的新生兒父母的問卷調(diào)查發(fā)現(xiàn),91.4%的受訪者認(rèn)為可從NESTS檢測中獲益,95.2%的受訪者認(rèn)為通過遺傳咨詢,對檢測結(jié)果的焦慮得到緩解,并表示能接受反饋的致病基因攜帶者的信息。
該研究結(jié)果表明,在做好全流程閉環(huán)管理下,尤其是專業(yè)的遺傳診斷和咨詢團(tuán)隊,以及兒科分級診療體系的支持下,人工智能輔助的NESTS方案作為新篩的一線方案是可行的。(記者 代小佩 通訊員 胡旭昀)
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